在4S店更換天窗總成應該不會對上汽大通MAXUS G50的防水密閉性造成負面影響。4S店的技師應該已經接受了專業培訓，能夠進行正確的操作和安裝。此外，車輛保修范圍內的維修和更換應該是由4S店負責的，他們會確保所更換的零部件符合官方標準和質量要求。因此如果是在保修期內的話，消費者完全可以放心地讓4S店更換。不過，如果已經超出了保修期限，或者想要更換第三方零部件，就需要認真考慮并咨詢專業技師關于安裝和密封性的問題。